Le carmelitane scalze sono a Savona dall'agosto del 1623, sotto la fedele protezione della "Madre di Misericordia" apparsa nel 1536 e rimasta patrona principale della città.
Col passare dei secoli la comunità superò molte traversie.
Sotto il dominio napoleonico nel 1810 le monache furono costrette ad allontanarsi dal monastero, ma lo riebbero provvidenzialmente, nel 1815.

La comunità accolse le superstiti dei Carmeli  di Liguria e Piemonte e anni dopo li portò a rifiorire nella loro terra .
Nel 1866 il Prefetto di Savona ordinò ancora di sgombrare il monastero che passò in proprietà al Comune. Le monache dovettero edificarne uno nuovo.  Si trasferirono nel 1870. Lasciarono poi anche questa casa, perché nel 1907 venne espropriata una parte dell’orto a causa dell’ampliamento della stazione ferroviaria.
Così giunsero alla costruzione dell’attuale monastero in via Firenze 30, dove la comunità risiede dal 1914.